В СССР маршрутные такси появились в 1930-х годах в Москве. Легковые автомобили ЗиС-101, позже ЗиС-110 курсировали между важнейшими площадями столицы, вокзалами и крупными выставками, парками, отвозили пассажиров на спортивные матчи. Так, в 1939 году доставкой посетителей Всесоюзной сельскохозяйстенной выставки (ВСХВ) наряду с многочисленными трамваями, троллейбусами и автобусами занимались 120 автомобилей маршрутного такси. В отличие от обычных такси, где работали таксометры, плата за проезд в маршрутном такси устанавливалась по тарифным участкам, как в автобусах и троллейбусах тех времён; так, проезд от площади Свердлова до ВСХВ обходился в 3 рубля. Были маршрутные такси и в других крупных городах СССР. Например, в Горьком маршрутные такси ЗиС-101 курсировали между Сормовом и Советской площадью (ныне площадь Минина и Пожарского) с заездом к Горьковскому (ныне Московскому) вокзалу. Стоимость проезда по полному маршруту составляла 3 рубля 50 копеек; для сравнения поездка на трамвае обошлась бы в 50 копеек, на автобусе — 1 рубль.
Во время Великой Отечественной войны работа маршрутных такси прерывалась. После её окончания линии маршрутных такси стали появляться вновь. Парк маршрутных такси пополнился автомобилями ЗиС-110 и ЗИМ (другое название ГАЗ-12). Работали маршрутные такси и на пригородных и даже междугородных маршрутах. В 1950 году была завершена реконструкция трассы Москва — Ялта. Наряду с автобусным, по трассе открылось и движение маршрутных такси.
Именно с междугородных маршрутов началась история маршрутных такси в Ленинграде. 30 апреля 1960 года от автовокзала № 1 (площадь Мира) в Лугу, Новгород, Сланцы и Нарву начали курсировать машины ГАЗ-12. В июне 1960 года появился и первый городской маршрут (ДК Промкооперации — Новая деревня).
В 1960-е годы в качестве маршрутных такси начали использоваться автобусы особо малого класса РАФ-977 и малого класса ПАЗ-652. Очень скоро они вытеснили легковые автомобили с маршрутного движения. В разных городах маршрутные такси заняли разные ниши. В больших городах, где роль основного транспорта играет метро, — в Москве, Ленинграде, Киеве — маршрутные такси преимущественно использовались для подвоза пассажиров от станций метро к популярным объектам городской среды: паркам, выставочным центрам, крупным магазинам. В Ленинграде маршрутные такси являлись для туристов довольно комфортным средством добраться до парков и фонтанов в Пушкине, Павловске и Петродворце. В таких городах с конца 60-х применялись автобусы особо малого класса РАФ-977, а с конца 70-х РАФ-2203 «Латвия».
В других городах, где не было метро, или оно не играло большой роли в перевозках, линии маршрутных такси соединяли разные части города, иногда дублируя маршруты остальных видов транспорта, иногда по оригинальным маршрутам. В таких городах применялись автобусы малого класса: ПАЗ-652, ПАЗ-672 с модификациями, КАвЗ-685 с модификациями, а также малые автобусы других отечественных марок. В пригородном (кроме туристских маршрутов) и междугороднем сообщении маршрутные такси применялись редко.
Общими свойствами всех маршрутных такси, отличающими их от иных видов транспорта, были: более высокий проездной тариф (в сравнении с автобусом обычно в 1,5—3 раза), отсутствие льгот по оплате, отсутствие проездных билетов длительного действия. Как правило, в правилах пользования маршрутными такси оговаривалась возможность остановки автобуса для посадки и высадки пассажиров вне остановочных пунктов, в местах, допускаемых Правилами дорожного движения, хотя в некоторых городах этой возможностью пользовались редко. Маршрутные такси считались более комфортной и более быстрой альтернативой автобусу, троллейбусу и трамваю для тех, кто готов за неё платить.
До возникновения кооперативного движения в СССР в 1987 году, маршрутные такси обслуживались либо государственными автобусными парками, либо таксопарками. С середины 1980-х годов стали появляться и кооперативные маршрутные такси (например, ПК «КормаРАФ» в Колпинском районе Ленинграда).
После распада СССР условия существования общественного транспорта резко изменились. В условиях обеднения граждан власти шли по пути предоставления широким слоям населения различных натуральных льгот, в том числе прав бесплатного проезда в общественном транспорте. Значительно возросло число пассажиров, уклоняющихся от оплаты проезда («зайцев»). Это привело к резкому сокращению доходов транспортных предприятий. При этом существовавшая централизованная система обновления подвижного состава прекратила существование. Муниципалитеты и областные правительства неохотно шли на компенсацию затрат транспортных предприятий на перевозки.
В результате в автобусных парках стали уделять особое внимание перевозкам маршрутными такси, приносящим «живые деньги», работающим по существу на коммерческих началах, в ущерб перевозкам так называемыми «социальными» автобусами. Маршрутные такси появились и в тех городах, где ранее их не было.
Первоначально маршрутные такси воспринимались пассажирами как более дорогая (и без льгот), но более быстрая и комфортная альтернатива традиционным автобусу, троллейбусу и трамваю. Однако во многих городах «социальные» перевозки сокращались, их качество падало. Для платежеспособных пассажиров маршрутные такси оказались предпочтительным способом передвижения, так как качество «социального» транспорта стало для них неприемлемым. Естественным исключением является метро в Москве и Санкт-Петербурге, так как маршрутным такси не по силам соревноваться с ним по скорости и комфорту на дальних перевозках.
В тех городах, где маршрутные такси существовали и ранее, сохранялась преемственность в отношении класса используемых автобусов. В городах, где активную роль играет метро, а маршрутные такси играют подвозящую роль, это автобусы особо малого класса (РАФ-22038 «Латвия», ГАЗ-32213 «Газель», «Мерседес-Бенц» 208Д, 308Д, 312Д и пр.). В других городах, где маршрутные такси выполняют большую транспортную работу, это автобусы малого класса (например, ПАЗ-3205). В маленьких городах, где маршрутные такси появились впервые, это, как правило, автобусы особо малого класса, преимущественно «Газели».
Вскоре на маршрутах стали работать автобусы, принадлежащие частным фирмам и предпринимателям. Крупнейшей в Москве компанией, работающей на рынке перевозок маршрутными такси, является группа компаний «Автолайн». В некоторых местах в разговорной речи её название стало нарицательным обозначением маршрутки вообще.
В условиях дальнейшего обеднения автобусных хозяйств на режим работы маршрутными такси переводились нередко и автобусы большой или даже особо большой вместимости (ЛиАЗ-677, Икарус-260, Икарус-280, ЛиАЗ-5256, ЛАЗ-695, ЛАЗ-4207, и пр.). Сейчас в некоторых городах как государственные и муниципальные автопарки, так и частные предприятия выводят на загруженные линии автобусы большой вместимости. Группа компаний «Автолайн» эксплуатирует в Москве на городских и пригородных маршрутах низкопольные автобусы большой вместимости «Скания Омнилинк».
Интересной особенностью маршрутных такси является различие момента оплаты проезда в разных городах или даже на разных маршрутах в одном городе. Если в большинстве случаев деньги за проезд пассажиры передают плату водителю (кондуктору) сразу после посадки, то в некоторых местах (например во Владивостоке, Калининграде и Одессе) принято в маршрутных такси оплачивать проезд при выходе.
Часто линии маршрутных такси дублируют существующие маршруты муниципального или государственного общественного транспорта. Однако появляются и новые маршруты. Например, в Москве появился ряд маршрутов, удобно соединяющих периферийные районы и обслуживающие таким образом важные пассажиропотоки, не покрываемые другим общественным транспортом.
В 2007 году в Казани была введена новая маршрутная схема, согласно которой все маршрутные такси были заменены на автобусы большей вместимости. По состоянию на октябрь 2007 года, на линии осталась только незначительная часть маршрутных такси.
Интересное: Кубинские маршрутки.
Также в эту тему перекину все обсуждения о маршрутках.
Автобусов и троллейбусов стало гораздо больше! 
А автолайны это просто кошмар!! Не понимаю людей, которые набиваются в этот загон, да ещё стоя, согнувшись, когда сзади идёт автобус или троллейбус по аналогичному маршруту!! 
Можно понять, что есть маршруты куда автобусы почти не ходят, но и тут ГАЗель не выход!! Надо что-то более вместительное, комфортабельное и надёжное! Например iveco, ford и т. д. Вообщем автобусы малой вместимости! Ну и конечно же, есть люди которые просто принципиально ездеют на этом автохламе! Это просто необъяснимо. Они оправдывают автолайны скоростью, то что там можно посидеть ( что тоже не всегда). Не знаю, где они там видят скорость при передвижении по городу, но автобус доезжает не медленнее. И очень часто маршрутки мешают подъехать к остановки автобусам и троллейбусам, скопившись, и высаживая людей чуть не посреди дороги. 